网站链接:http://circbase.org/
论文引用:Glažar P, Papavasileiou P, Rajewsky N. circBase: a database for circular RNAs. RNA. 2014;20(11):1666-1670. doi:10.1261/rna.043687.113
在云序生物提供的 HTML 网页版报告当中,有提供 circRNA 的表达谱以及差异 circRNA 的表格。
打开表格文件(此处以差异 circRNA 表格“Differentially Expressed circRNA.xlsx”为例)。
在表格偏右的位置,可以看到 circBaseID 和 source 两列。在此处的截图中,若该环状 RNA 在 circBase 数据库中有对应的记录,则 source 一列标记为“circBase”,而 circBaseID 一列显示该环状 RNA 的编号;若该环状RNA 在 circBase 数据库中没有记录,则 source 一列标记为“novel”,而 circBaseID 一列留空。
以此处截图中的环状 RNA “hsa_circ_0004846”为例,复制该 circBase ID,然后在 circBase.org 网站首页的搜索框中粘贴,随后点击“Search”搜索,网站随后就会返回搜索结果:
在 circBase 网站上,该 ID 记作“circRNA ID”(上方截图从左到右第 4 列)。
除了按照 circRNA ID搜索以外,circBase 的网页搜索还支持按照以下几类要素来搜索环状 RNA:(所有类型的关键词均无需区分大小写)
NCBI RefSeq transcript ID(例如“NM_027671”);
基因名(例如“Pvt1”);
基因组坐标(例如“chrII:123456-7891011”);
Gene Ontology 条目 ID(例如"GO:0017081");
DNA或RNA序列(通过网站首页上方标签栏当中的“blat”)。
需要注意的是,云序生物提供的表格当中,环状 RNA 的基因组坐标(第A列,CircRNAID)与 circBase 上的基因组坐标有细微的差别:
1.起始位置编号差异:circBase 网站上的基因组坐标的起始位置的编号,比云序生物提供的基因组坐标的起始位置的编号小1(-1)。例如下方截图当中绿色高亮的环状 RNA,在 circBase 上的起始位点编号是 5168779,而云序生物提供的起始位点编号是 5168780。
2.是否给出正负链信息:云序生物的表格当中,正负链信息以“+”和“-”附加于基因坐标位置的后方(例如下图当中绿色高亮标注的 chr14:55168780-55169298+),但 circBase 网站上则将正负链信息单列为一列(上方截图从左到右第 3列)。
搜索结果的查看和下载
circBase 网站的搜索结果,以表格形式呈现。仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例:点击“基因组坐标”(genomic position)一列的超链接,会跳转到 UCSC 的基因组浏览器(circBase 内部镜像版);点击“最佳转录本”(best transcript)一列的超链接,会跳转到 NCBI 或 WormBase 中相应的转录本信息页面;点击“基因名”(gene symbol)一列的超链接,会跳转到NCBI 或 WormBase 中相应的基因信息页面;点击“环状RNA 研究论文”(circRNA study)一列的超链接,会跳转到 PubMed 中相关参考文献的页面。若需要下载环状 RNA 的序列信息,则需要点击 Export results 一行的 fasta 字样。随后,网站将会弹出如下方截图所示的界面。其中,对于序列数据的来源,可以选择基因组序列(genomic)或经过剪接后的 RNA 序列(spliced);对于序列数据的范围,可以指定向上游或向下游多截取的碱基数目。确定好这些选项后,点击“Search”按钮即可下载环状 RNA 的序列信息。
仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例:若序列来源选取的是“spliced”,不额外截取更多碱基,下载的序列长度将会是 519 bp。对于外显子来源的环状 RNA(云序生物提供表格的“Catalog”一列标记为“exonic”的环状 RNA),建议使用这种设定。
若序列来源选取的是“genomic”,不额外截取更多碱基,下载的序列长度将会是 11001 bp,即该 circRNA 来源的基因组区域的全长片段。
到此为止,你就已经掌握 circBase 查找和下载环状 RNA 的基本方法了。怎么样?是不是很简单!
批量搜索环状 RNA
除了简易的单次搜索以外,circBase 也支持一次性对多个环状 RNA 进行批量搜索。只需点击网站首页上方标签栏当中的“list search”就能进入批量搜索的界面。
首先,点选“Organism”的下拉菜单,选取物种;然后,在“Search list”空白区域输入需要批量检索的环状 RNA 的信息(例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等),也可在“Upload file”处浏览本地文本文件上传;随后,点击页面下方的“Search”按钮,网站就将返回批量搜索的结果表格。
批量筛选环状 RNA
如果不知道每个环状 RNA 的详细信息(例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等),但仍希望进行批量检索,circBase 还支持设定条件来筛选环状 RNA。只需点击网站首页上方标签栏当中的“table browser”就能进入批量筛选的界面。在此界面选定各个筛选条件,随后点击页面下方的“Search”按钮,网站就将返回批量筛选的结果表格。注意事项
当通过基因组坐标搜索环状 RNA 时,为避免在不同物种之间发生混淆,最好在关键词后加上空格+三字母物种名缩写。例如:以“chr14:55168780-55169298 hsa”作为搜索关键词,就能得到人类基因组上的 14 号染色体的55168780-55169298 区域搜索到的环状 RNA 结果。除了用“hsa”表示人类以外,circBase 中的三字母物种名缩写还有:“mms”表示小鼠;“cel”表示秀丽隐杆线虫;“dme”表示黑腹果蝇;“lcm”表示Latimeria chalumnae;“lme”表示 Latimeria menadoensis。对于下载得到的文本文件,Windows 电脑用户可能会遇到换行格式的不兼容问题(因为 circBase 下载的文件默认采用 Unix-style 的 LF 换行)。如果遇到换行格式问题,circBase 官方建议您使用免费的第三方文本编辑器Notepad++ 打开。
对于下载得到的序列文件,circBase 将使用 gzip 对序列文件进行压缩,得到 Unix 系统下默认支持的 tar.gz 格式的压缩包。Windows 电脑用户若遇到无法解压 tar.gz 压缩包的问题,circBase 官方建议您使用免费的第三方解压软件 7-Zip 或 Powerarchiver 进行解压。
如果您的搜索结果当中的 circRNA 数量超过一条 ,下载解压后得到的每个 fasta 文件将会包含搜索结果当中同一物种的多条不同 circRNA。
云序生物作为国内早期提供环状RNA测序的测序公司,自行建立的环状RNA数据库circDB,凭借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供优质的服务。云序积累了超过10000例环状RNA测序的经验,样本覆盖20多个物种以及50多种疾病。云序生物提供系统性环状RNA服务,从筛选(circRNA测序)到验证(qPCR)再到机制研究(RIP、RNA pull-down、ChIP)以及上游表观调控(m6A甲基化等各类RNA修饰研究),全方位覆盖环状RNA上下游分子机制验证的重要研究环节。除了提供组织和细胞的样本类型测序之外,我们还提供体液、血清血浆、外泌体石蜡样本等特殊样本的测序服务。
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