2020年环状RNA高分文章怎么发？-技术前沿-资讯-生物在线
·

2020年环状RNA高分文章怎么发？

作者：上海云序生物科技有限公司 2020-03-04T10:26 (访问量:3013)

​文章导读
环状RNA作为最新发现的RNA分子，从诞生之日起就是光环加身，屡屡登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期发表的《2019研究前沿》中，“环状RNA作为癌症新的生物标志物”成为生物科学领域6个新兴前沿之一。2019年环状RNA共发表SCI论文885篇，较2018年增长约20%，其中大于10分的文章约60篇，是2018年的3倍左右。2019年关于环状RNA的国自然审批金额高达8000多万，环状RNA的火热程度可想而知。
近期国际顶级杂志Cancer Cell上再次刊登了关于环状RNA研究，来自瓦伦西亚大学等机构的科学家们通过研究开发了一种有效阻断黑色素瘤发生转移的新方法；文章中，研究人员发现环状RNA-CDR1as可结合IGF2BP3，CDR1as表达降低后可释放IGF2BP3，改变一些靶基因的表达状态，参与黑色素瘤的迁移侵袭及GPX4药物敏感性，环状RNA-CDR1as有望成为新型癌症生物标志物从而帮助开发新型抗癌疗法。下面小编和大家一起解读这篇23分的高分文章。

原文链接：Epigenetic Silencing of CDR1as Drives IGF2BP3-Mediated Melanoma Invasion and Metastasis
发表期刊：Cancer Cell
影响因子：23.916
发表日期：20200113
运用技术：全转录组测序、RIP-seq（云序提供以上服务）
文章内容
1.circRNA测序分析揭示了CDR1影响黑色素瘤发生发展
作者分析了4例黑色素瘤细胞和10例短培养黑色素瘤细胞（STCs）的全转录组测序（云序提供此服务）数据，共发现7,849个环状RNA，其中上调116个，下调572个。重要的癌症相关的环状RNA--CDR1as，它的成环比例比预期的要低，10例STCs中6例检测不到CDR1as，作者发现另外的4例是从黑色素瘤脑转移的病灶分离的，怀疑是由于分离的标本中掺杂了胶质细胞的缘故。黑色素瘤的细胞系中CDR1as的表达也降低。进一步分析表明相对于初发的患者，高转移侵袭的黑色素瘤标本中CDR1as的表达显著降低。生存分析表明，CDR1as的低表达与患者的不良预后相关。这些现象表明，环状CDR1as与黑色素瘤的发生发展相关。

图1 环状CDR1as在黑色素瘤中低表达
2. 环状CDR1as与黑色素瘤侵袭相关
为了探索环状CDR1as在黑色素瘤中的功能，作者沉默环状CDR1as后检测黑色素瘤细胞的表型。结果显示在高表达CDR1as的黑色素瘤细胞（WM278和WM115）中干扰CDR1as并不能显著影响细胞增殖，但可以显著提高细胞侵袭能力。在低表达LINC00632/CDR1as的细胞（SK-MEL-28 和 501MEL）中，干扰CDR1as对侵袭表型没有影响。在SK-MEL-28 和 501MEL细胞中过表达CDR1as能降低侵袭性，体内成瘤实验也表明，干扰CDR1as并不显著改变肿瘤大小和生长速度，但可以显著提高肺转移比例。

图2 环状CDR1as与黑色素瘤侵袭相关
3. 环状CDR1as的生成调控
早期曾有报道发现CDR1as来自于非编码RNA--LINC00632的基因内部。本文作者进一步验证了这个假设，并证明CDR1as的表达与LINC00632高度相关。利用SAM CRISPR/Cas9技术增强LINC00632的表达后，CDR1as的数目也会增加。这些数据均证实了之前的报道，即CDR1as来源于LINC00632。miR-671-5p可通过RNAi机制促进CDR1as的降解，但还没有报道表明LINC00632是miR-671-5p的作用底物，因此作者分析了黑色素瘤组织和细胞中三者的表达关系，结果表明在病人组织和细胞中miR-671-5p与CDR1as的表达相关性较弱。过表达miR-671-5p可降低CDR1as的表达，但不影响LINC00632的表达，而敲降miR-671-5p并不能使得CDR1as表达值恢复。综上，黑色素瘤中CDR1as的表达似乎并非由miR-671-5p的调控实现，更可能是由于CDR1as的来源基因LINC00632表达的影响造成的。

图3 环状CDR1as的表达主要受来源基因LINC00632表达的影响
4. IGF2BP3与CDR1as相互作用介导黑色素瘤的侵袭
为揭示CDR1as在黑色素瘤中的作用机制，作者首先思考了CDR1as可能的相互作用蛋白。作者首先从CLIP-seq的在线数据中分析了可能的结合蛋白，并从中发现了IGF2BP家族蛋白存在与CDR1as相互作用的证据。为进一步验证，作者进行了RIP-seq（云序提供此服务），发现IGF2BP3对CDR1as的富集作用最强，并且对LINC00632的结合不高，说明IGF2BP3具有特异性结合CDR1as的作用。干扰IGF2BP3可挽救由于CDR1as缺失导致的侵袭增强现象。
CDR1as干扰前后IGF2BP3结合的靶分子种类没有太明显的改变，但CDR1as干扰后变化显著的基因更倾向于富集到IGF2BP3结合的靶分子列表中。为进一步分析这些基因对CDR1as敲降后促进侵袭的表型的关系，作者进行了小规模RNA干扰文库的分析，针对CDR1as干扰后表达会增高的9种基因进行RNAi文库分析，其中6 种基因能显著逆转因干扰CDR1as导致的侵袭增加。其中SNAI2 和MEF2C在CDR1as干扰后的表达增高是由IGF2BP3介导的。

图4 IGF2BP3与CDR1as相互作用介导黑色素瘤的侵袭
5. CDR1as表达状态与GPX4抑制剂敏感性相关
最后，为分析CDR1as表达状态与黑色素瘤中药物敏感性和基因型的相关性，作者对不同数据库进行挖掘，并根据CDR1as表达状态进行了分组，分别为高、中和低表达三组。作者发现低表达CDR1as 组的细胞对多种MAPK通路的抑制剂更敏感，而CDR1as高表达组中对BRAF抑制剂的不敏感性。同样，高表达CDR1as组的细胞也对GPX4抑制剂更敏感。数据库分析表明，黑色素瘤中GPX4抑制剂的敏感性与MITF / AXL基因的表达情况有关。作者分析发现CDR1as高表达的细胞倾向于表现出MITF低表达和AXL高表达，而CDR1as低表达的细胞倾向于表现出MITF高表达和AXL低表达。实验结果也表明CDR1as表达状态与GPX4抑制剂敏感性相关，低表达CDR1as组的细胞对GPX4抑制剂更敏感。然而在高表达CDR1as的细胞中干扰CDR1as后并不能提高对GPX4的敏感性，说明CDR1as可作为黑色素瘤对GPX4抑制剂敏感性的指标，但并非该药物发挥功能的关键因素。

图5 CDR1as表达状态与GPX4抑制剂敏感性相关
总结：
肿瘤转移是癌症患者死亡的主要原因。了解和探究肿瘤转移扩散的机制，将会揭示重要的肿瘤发生发展生物学过程，进而为临床提供新的治疗方向和靶点。本文作者以黑色素瘤为模型，通过全转录组测序和RIP-seq等技术（云序提供以上服务）研究了环状RNA--CDR1as在肿瘤转移中的作用。作者发现CDR1as的生成主要受其来源的长链非编码RNA--LINC00632的表达影响，并通过IGF2BP3蛋白介导的机制促进黑色素瘤的侵袭和转移。此外，CDR1as表达状态与GPX4抑制剂敏感性相关。本文的研究揭示了CDR1as的功能、预后和预测作用，并揭示了环状RNAs在转移中的关键作用。

图6环状CDR1as通过 IGF2BP3蛋白介导机制促进黑色素瘤的转移
云序生物—环状RNA研究领跑者！（下段当中产品超链接）

云序生物作为国内早期提供环状RNA测序的测序公司，自行建立的环状RNA数据库circDB，凭借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供优质的服务。云序积累了超过10000例环状RNA测序的经验，样本覆盖20多个物种以及50多种疾病。云序生物提供系统性环状RNA服务，从筛选（全转录组测序）到验证（qPCR）再到机制研究（RIP、RNA pull-down、chip）以及上游表观调控（m6A甲基化、m5C甲基化、m1A甲基化、m7G甲基化、ac4c乙酰化测序、2’-O-RNA甲基化测序），为您全方位的覆盖环状RNA上下游分子机制验证的重要研究环节。除了提供组织和细胞的样本类型测序之外，我们还提供体液、血清血浆、外泌体石蜡样本等特殊样本的测序服务。回首过去，从国内环状RNA测序到全转录组测序概念提出，到m6A等RNA甲基化测序平台，再到如今的eccDNA测序服务，我们一直在紧跟国际科研热点方向进行测序技术的创新。

云序生物环状RNA一站式服务相关产品

云序客户环状RNA相关文章

相关产品：
全转录组测序
环状RNA测序
LncRNA测序
mRNA测序
miRNA测序
RIP 测序
RNA pull-down
ChIP测序
ATAC测序
Cut-tag测序
往期回顾
1. circRNA和m6A再次秀恩爱携手登上Nature Communication
2. 全转录组测序一箭三雕怎么玩？
3. 环状RNA做ceRNA机制还能发10分以上文章吗？
4. 做了环状RNA，还愁5分文章不好发？丨云序客户最新环状RNA成果揭秘
5. circRNA再发IF=18.88高分文章--您想知道的circRNA机制研究，都在这儿
6. 云序客户发表首篇直肠癌转移肝癌环状RNA文章，影响因子高达7.8分!

上海云序生物科技有限公司

Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd

地址：上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼

网址：http://www.cloud-seq.com.cn

电话：021-64878766 邮箱：market@cloud-seq.com.cn
上海云序生物科技有限公司 商家主页

地 址： 上海市松江区莘砖公路518号24号楼4楼

联系人： 戴小姐

电 话： 021-64878766

传 真： 021-64878766

Email：market@cloud-seq.com.cn;liuqingqing@cloud-seq.com.cn

相关咨询

杨宝峰院士团队RNA修饰又一成果 | 云序ac4C acRIP-seq助力揭示心脏I/R损伤的作用机制 (2024-12-03T00:00 浏览数:2804)

杨宝峰院士团队最新成果 | 云序助力揭示RNA修饰m7G调控心肌肥厚的机制研究 (2024-11-13T00:00 浏览数:4696)

Nature子刊| 重磅综述！一文总结「m6A修饰非编码RNAs」在各类肿瘤中的调控机制及作用 (暂无发布时间 浏览数:4406)

研究速览-eccDNA 2023年最新进展大放送！ (暂无发布时间 浏览数:4038)

云序生物MeRIP-qPCR技术干货 (暂无发布时间 浏览数:4116)

技术干货| “eccDNA碱基序列的获取及引物设计”方法教程 (暂无发布时间 浏览数:4391)

云序客户m6A高分文章|揭示组蛋白乙酰化与m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的共同作用机制 (暂无发布时间 浏览数:3101)

Nat Biotechnol IF=47 | BID-seq:一种基于单碱基分辨率的假尿嘧啶（Ψ）修饰定量测序检测方法 (暂无发布时间 浏览数:2722)

北大伊成器团队Nature Reviews重磅发文：非m6A热门修饰调控与功能一文速览！ (暂无发布时间 浏览数:3867)

用户文章m6A专题|IF=9.8|m6A去甲基化酶ALKBH5缺乏会加重钴致神经退行性损伤 (暂无发布时间 浏览数:2665)

ADVERTISEMENT