通常基因组研究的打开方式是这样的:
“什么,同时使用PacBio和BioNano技术这么贵?!”
“通量这么低,周期太长了”
“你们没有平台吧,是不是要外包?”
贝瑞和康给出的答案统统是No!作为国内唯一一家在Illumina二代测序平台基础上,又同时拥有PacBio和BioNano最新系统的测序服务供应商,在这里N个植物、动物的基因组项目已经顺利接近尾声。
6台BioNano Saphyr、2台BioNano Irys、3台PacBio Sequel随时待命,所以在贝瑞和康进行基因组研究的正确打开方式是这样的:
无需外包,提高样本的利用率
无论是PacBio平台还是BioNano平台,由于超长的读长,所以对样本、文库质量的要求非常高,如果他们在任一过程中进行了长时间的搁置、运输等环节,很有可能造成不可逆转的损坏,这样周期、数据质量势必都会受到严重的影响,而在贝瑞和康这样的问题是可以完全避免的。
深度战略合作,最有力后台支持
贝瑞和康早在2016年便与BioNano公司和PacBio公司分别建立了深度战略合作关系,可得到最及时、最权威的软硬件、试剂等技术层面的支持,保证平台数据质量与通量的持续优化。
通量高成本低,展现最优性价比
PacBio Sequel试剂已升级到最新v2.0数据版本,数据通量和质量再次提升。伴随着周期的缩短,测序成本也得到了显著的降低。BioNano 最新Saphyr系单chip可产出高达640Gb(DNA分子长度≥150Kb),由此贝瑞和康的单日数据通量可高达4T数据,以超高的通量展现最优的性价比。
优势共享,提供最优数据质量
基于PacBio Sequel平台,Subreads平均读长8-15Kb,同时拥有最小的GC偏向性,无PCR扩增等优势。而BioNano Saphyr系统DNA分子检测长度高达几百Kb乃至Mb,无片段化、无PCR、无信号干扰。同时使用两种平台,保证了序列的均匀覆盖度、避免了PCR冗余。
相互矫正,完美提升组装效果
由于BioNano和PacBio产生不同的数据特征,所以在组装的过程中,两者结合可以相互校正,从而获得更好的组装效果。著名的山羊基因组文章就充分利用了这一优势,不仅利用BioNano进行Scaffolding,同时还对PacBio组装结果进行错误校正,提升了PacBio组装结果的准确性。
数据互补,呈现最优的组装搭配
很多童鞋一直觉得Hi-C可以组装到染色体水平,所以可以直接取代BioNano。其实不然,由于Hi-C基于短读长测序技术并存在PCR扩增过程,因此Hi-C对于高GC及高重复等复杂的基因组区域很难实现跨越,并且对较短的Contig分辨率非常低,所以准确率、灵敏度极高的BioNano Saphyr才是PacBio Sequel最忠实的伴侣,而Hi-C更适用于经过BioNano进行scaffolding后的组装。
这样的打开方式是不是让您耳目一新,还在犹豫什么,速来贝瑞和康尽享最优平台。咨询请联系当地销售,或致电010-84409702/电子邮件sequence@berrygenomics.com
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